Az Amazon elveszett városai már régóta klisévé váltak az alacsony profilú irodalomban; a komoly tudósok a selvát olyan környezetnek tekintették, amelyben csak primitív emberi kultúrák létezhetnek. Az antropológiai vizsgálatok eddig megerősítették ezt a nézetet: az Amazon az a hely, ahol az indiai törzsek élnek, a kőkorszak szintjén
A régészeti adatok ellentmondásban vannak az antropológiai adatokkal: egy floridai (USA) Augusto Oyuela-Caicedo egyetemi tudós ásatásokat folytat Peru északkeleti részén, a dzsungelben Iquitos városának közelében. Megállapításai megerősítik a tudományos körökben a közelmúltban elterjedt elméletet, miszerint az európaiak Amazon-ba való megérkezése előtt fejlett kultúra létezett, legfeljebb 20 millió ember lakosságával (jóval több, mint az Amazon jelenlegi lakosai).
Megtalálható az indiai talicskákban - kerámia és föld, elsősorban az úgynevezett terra preta ("fekete föld"), amely a helyi talaj keveréke az emberi hulladékokkal, faszénnel és hamuval. A kihalt kultúra nyomai mindenütt megtalálhatók az Amazon-on: a São Paulo Egyetem brazil régésze Eduardo Neves és amerikai kollégái Manaus közelében találhatók. Az indiánok nem csak a talaj megtermékenyítésével növelték a dzsungel termelékenységét: mindenhol vannak dzsungelterületek, ahol rendkívüli számú, ehető gyümölcsöket hordozó fa van. Az amazon-medencében a Columbia előtti korszakban a fejlett civilizációk fennmaradásának támogatói szerint ezek a gyümölcsösök maradványai. A régészeti leletek Bolíviában és Brazíliában (a Xingu folyó közelében) jelzik:már az AD 1. évezred végén az Amazonas lakói tonna talajt tudtak mozgatni, csatornákat és gátokat építeni, amelyek megváltoztak a folyómedencékben.
A tudósok véleményének változása az Amazonas-medence ősi kultúráiról Anna Roosevelt, a Chicagói Illinoisi Egyetem kutatásaival kezdődött az 1980-as években: a világ legnagyobb édesvízi szigeten, Marajo az Amazon torkolatán, házak alapjai, kiváló minőségű kerámia és fejlett mezőgazdasági nyomok.
A tudósok, akik tagadják a fejlett kultúrák fennmaradását az Amazonason a múltban (például Betty Meggers a Smithsonian Intézetből), az elméleteket olyan opportunistáknak tekintik, akik a klasszikus nézetekkel ellentétesen akarnak híressé válni. Azt állítják: ha az Amazonas-medencében fejlettebb autochton kultúrák voltak, mint most, akkor ezek nem különböztek sokat a jelenlegi kultúráktól - sem fejlettségi szint, sem népesség szempontjából.
Erre válaszul a fejlett Amazon hívei idézik a spanyol dominikánus szerzetes és a krónikus, Gaspar de Carbajal nevét, akik 1541-ben, a Napo folyó mentén vitorlázva, "szikrázó fehér városokról", "nagyon termékeny földről", "gyönyörű utakról" és kajakról, amelyek több tucat katonát tudtak szállítani, írtak. … A tudósok azt állítják, hogy az európaiak behozott betegségei miatt egy fejlett civilizáció pusztult el, és a fából épített városok és a viszonylag kompakt mezők nagyon gyorsan és szinte teljesen elnyelik a dzsungelben. (Emlékeztetni kell arra, hogy a különböző kultúrák különböző képességekkel bírnak, hogy nyomokat hagyjanak a régészek számára - a felhasznált anyagtól függően. Ha nem lenne néhány csodálatos módon megőrzött jegyzet a könnyen lebomló nyírfa kéregről, akkor az ókori Novgorodiak nagy részét írástudatlanoknak tekintették.)
És még egy vádaskodás azok ellen, akik az Amazonot a fejlett kultúrák szülőföldjének tekintik: kijelentéseikkel, amelyek szerint a régió képes milliókat emésztni a környezet károsítása nélkül, elősegítik a régió aktív fejlesztését lobbizó vállalatokat. Eduardo Neves így válaszol: "Az emberiségét humanizáljuk az Amazon történetében."