1531-ben Francisco Pizarro szállt le elsőként a mai Ecuador partjain. Itt fedezett fel egy birodalmat, amely közel három ezer mérföldet tett ki Dél-Amerika nyugati partja mentén. Az inkák nagy birodalma volt.
Ennek a birodalomnak a népessége 16 millió ember volt, nagyobb, mint bármely akkoriban létező európai állam. A birodalom jól működött. Minden állampolgár dolgozott, és az állami magtárak tele voltak gabonafélékkel, így senki sem éhes, még akkor sem, ha bármelyik tartományban gyenge termés volt. A jó utak az ország minden részéhez vezettek, így hírek és rendeletek érkeztek minden faluban.
Az inka birodalomban az élet teljesen ellenőrzött volt, és mindenki annyira engedelmes volt, hogy talán ezért bukott össze a birodalom. Amikor Pizarro megtámadta a birodalmat 180 katonájával, konfliktus bontakozott ki az inka vezetõi Huascar és féltestvére, Atahualpa között, akinek az uralkodónak kellett lennie. Atahualpa nyert.
Pizarro árulással elfogta. Ugyanakkor Huascarot elfogták és megölték. Aztán Pizarro megölte Atahualpát is. Az inka birodalom vezető nélkül maradt, és nem tudott ellenállni a spanyol inváziónak.
Az amerikai indiánok megszokták engedelmeskedni, de most a parancsokat a spanyol hódítók adták. A spanyolokat érdekelte az ásványok bányászata az inkákban, ezért arra kényszerítették őket, hogy dolgozzanak a bányákban. A mezőgazdaságot elhanyagolták. Sok indián halt meg kemény munka és étkezés hiánya miatt. Az inka birodalom hanyatlásba esett.
Számos indián élte túl ezt az időszakot, és leszármazottaik lettek az Andok fő lakossága Ecuadorban, Peruban és Bolíviában.