Jelentés a Peruban talált múmiák szövetmintáinak genetikai elemzésének eredményéről. Ezt a jelentést 2018 novemberében készítették el.
Előadók
- CEN4GEN laboratóriumok (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Kanada T6E 6T9) - A minta előkészítése és szekvenálása.
- ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV (Mexikó) - számítógépes adatok elemzése.
A minőség előzetes elemzése után a további 7 elemzés céljából benyújtott 7 mintából 3 mintát vettek.
Minták elemzésre
| Kijelölés | eredeti név | Feltételes név | Kép |
| Ősi-0002 | Nyakcsont Med ül, 00-12 Victoria 4 | Victoria | 3.117 ábra |
| Ősi-0003 | 1 kéz 001 | Külön kezét 3 ujjal | 3.118. Ábra |
| Ősi-0004 | Momia 5 - DNS | Victoria | 3.117 ábra |
E minták esetében a következő műveleteket hajtották végre:
Promóciós videó:
- DNS extrakció.
- DNS-minőség-ellenőrzés.
- DNS szaporodás.
- DNS-könyvtár létrehozása.
- DNS szekvenálás.
- Tisztított szekvenált adatok képzése.
- Minőség ellenőrzés.
- Az átfedő DNS előzetes elemzése az emberi genomról szól.
- A rövid DNS izolálására szolgáló elemzés az ősi DNS-re jellemző.
- Az Ancient0003 DNS átfedése a meglévő emberi genom könyvtárakon olvasható.
- Mitokondriális elemzés a D-hurok variánsok és más információs helyek kimutatására a mitokondriális haplotípusok meghatározására.
- A minták nemének meghatározása.
- A lehetséges idegen szervezetek azonosítása a mintákban.
- DNS-adatbázisok elemzése az ismert organizmusokkal való hasonlóságok azonosítása érdekében.
3.117. Ábra Minták kivonása Victoria nyakából.
Az Ancient0004 és Ancient0002 (Victoria) mintákban található lehetséges organizmustípusok azonosítása céljából genomi DNS-vázlatot készítettem (Ondov et al., 2016), amelyben a rövid fragmentumok, k-merek csoportjait összehasonlítottam a rendelkezésre álló adatbázisokkal. A BBTools szoftvert használtuk.
A következő organizmusokat teszteltük:
- Baktériumok.
- Vírus.
- A plazmidok.
- Fágok.
- Gombák.
- Piasztid.
- Diatómák.
- Emberi.
- Bos Taurus.
- H penzbergensis.
- PhaseolusVulgaris.
-
Mix2: A következő genomok címkéje:
- Lotus japonicus kloroplaszt, teljes genom.
- Canis lupus familiaris cOR9S3P szaglás receptorcsalád 9. alcsalád S pszeudogén (cOR9S3P) a 25. kromoszómán.
- Vigna radiata mitokondrium, teljes genom.
- Millettia pinnata kloroplaszt, teljes genom.
- Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, teljes genom lőfegyver-szekvencia.
- Asinibacterium sp. OR53 állvány1, a teljes genom lőfegyver-szekvenciája.
- A Bacillus firmus LK28 32 törzs, a teljes genom lőfegyver-szekvenciája.
- Bupleurum falcatum kloroplaszt, teljes genom.
- Alicycliphilus sp. B1, a teljes genom lőfegyver-szekvenciája.
- A Bacillus litoralis C44 Scaffold1 törzs, a teljes genom lőfegyver-szekvenciája.
- Chryseobacterium takakiae DSM 26898 törzs, teljes genom lövöldözősorozata.
- Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
- A Bacillus halosaccharovorans DSM 25387 Scaffold3 törzs, a teljes genom lőfegyver-szekvenciája.
- Rhodospirillales baktérium URHD0017, teljes genom lövöldözősorozata.
- A Bacillus onubensis 10J4 10J4_trimmed_contig_26 törzs, a teljes genom lőfegyver-szekvenciája.
- Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, teljes genom lőfegyver-szekvencia.
- Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, a teljes genom lőfegyver-szekvenciája.
-
Gerinces: A következő genomok címkéje:
- Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
- bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
- bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
- GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
- GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
- GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
- GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
- Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
- rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
- Protozoonok.
3.118. Ábra Két három ujjú kéz képe és röntgenképe.
Az összes szűrő után a 27974521 olvasmány az Ancient0002-re, a 304785398 olvasmány az Ancient0004-re érkezett. Ez azt mutatja, hogy az Ancient0002 mintából származó DNS 27% -a és az Ancient0004 mintából származó DNS 90% -a nem azonosítható a rendelkezésre álló adatbázisokból származó elemzett organizmusok DNS mintáival.
Az elemzés következő szakaszát a megahit v1.1.3 szoftver segítségével hajtottuk végre (Li et al., 2016). A következő eredményt kapták:
- Ancient0002: 60852 contigs, összesen 50459431 bp, min 300 bp, legfeljebb 24990 bp, átlag 829 bp, N50 868 bp, 884,385 (5,39%) összeszedett olvasmányok.
- Ancient0003: 54273 contigs, összesen 52727201 bp, min 300 bp, legfeljebb 35094 bp, átlag 972 bp, N50 1200 bp, 20 247 568 (65,69%) összeszedett olvasmány.
Az elemzés eredményét az ábra mutatja.
3.116. Ábra Az osztályozott leolvasások aránya a 28073655 Ancient0002 leolvasásoknál (felső grafikon) és a 25084962 Ancient0004 leolvasásoknál (az alsó grafikonon), összehasonlítva a 34904805 DNS-bázissal, amely 1109518 taxonómiai csoportot képvisel.
Következtetés
Az elemzés eredményeként kimutatták, hogy az Ancient0002 és az Ancient0004 (Victoria) minták nem felelnek meg az emberi genomnak, míg az Ancient0003 minták jól megfelelnek az emberi mintának.
Korotkov K. G. kommentárja
Vegye figyelembe, hogy a három ujjú kéz egy nagy lényhez tartozott, méretével összehasonlítható a Maria-val, és a kapott eredmény megegyezik a Maria DNS-elemzésének eredményével. Victoria a "kis lények" képviselője, és az eredmény azt mutatja, hogy a DNS-ek nem egyeznek meg a modern földi lényekkel. Természetesen nincs adatunk az ősi lényekről, amelyek több millió év alatt eltűntek.
linkek
- Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., és Zody, MC (2018). taxMaps: a rövid olvasású adatok átfogó és nagyon pontos taxonómiai osztályozása ésszerű időn belül. Genome Research, 28 (5), 751-758.
- Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Három ősi DNS extrakciós módszer teljesítményének összehasonlítása a nagy teljesítményű szekvenáláshoz. Molecular Ecology Resources, 16 (2), 459-469.
- Huang, W., Li, L., Myers, JR és Marth, GT (2012). ART: egy új generációs szekvenálási olvasó szimulátor. Bioinformatics, 28 (4), 593-594.
- Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: Gyors és skálázható metagenom-összeszerelő, fejlett módszerek és közösségi gyakorlatok által vezérelt. Methods, 102, 3-11.
- Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S. és Phillippy, AM (2016). Mash: gyors genom- és metagenom-távolságbecslés a MinHash használatával. Genome Biology, 17 (1), 132.
- Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Az ősi és modern genomok jellemzése SNP detektálással, valamint filogenomikus és metagenomikus elemzéssel a PALEOMIX segítségével. Nature Protocols, 9 (5), 1056-1082.
- Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-Server: a felhőben lévő humán mitokondriális DNS következő generációs szekvenálási adatelemzése. Nucleic Acids Research, 44 (W1), W64-W69.
- Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T. és Stamatakis, A. (2014). PEAR: gyors és pontos Illumina páros végű reAd mergeR. Bioinformatics, 30 (5), 614-620.
Anyagok: Konstantin Georgievich Korotkov (műszaki tudományok doktora, egyetemi tanár, Informatikai Egyetem, Mechanika és Optika) és Dmitrij Vladislavovics Galetsky (Orvostudományi jelölt, I. Pavlov I. Szentpétervár Állami Orvostudományi Egyetem)