A kriptográfia első ismert alkalmazásának feltételezik, hogy körülbelül 4000 évvel ezelőtt az ókori Egyiptomban speciális hieroglifákat alkalmaztak. A kriptográfia elemeit már a régi és a közép királyság felirataiban találták, a kriptográfiai szövegek a XVIII. Dinasztia ideje óta ismertek. A piktográfiából származó hieroglifás írás tele volt ideogramokkal, és a vokalizáció hiánya miatt a rejtvények elve alapján lehetővé tette a hangfelvételek készítését.
Az egyiptomiak kriptográfiáját nem azért használták, hogy megnehezítsék az olvasást, hanem valószínűleg az írástudók vágyával, hogy szellemmel és találékonysággal meghaladják egymást, és szokatlan és titokzatos segítségével felhívják a figyelmet szövegeikre. Az egyik szemléltető példa a II. Nemesi Khnumhotep (Kr. E. XIX. Század) dicsőítésének szövege, amelyet egy jól megőrzött BH 3 sz. Sírban találtak Beni Hasan területén.
Az ókori egyiptomiak legalább három titkosítási rendszert használtak.
Az ókori indiai szövegekben a 64 művészet közül a szöveg megváltoztatásának módszereit nevezték meg, ezek közül néhányat kriptográfiai módszereknek lehet tulajdonítani. A Mezopotámiából származó kerámia máz előállításának receptjével foglalkozó tabletta szerzője ritka jelöléseket használt, betűket hagyott ki, és a neveket számokkal cserélte, hogy elrejtsék, amit írtak. A jövőben különféle hivatkozások vannak a kriptográfia használatára, amelyek többsége a katonai ügyekben történő felhasználásra vonatkozik.
A fonetikus írás megjelenésével az írás azonnal egyszerűsödött. Az ősi szemita ábécében a Kr. E. II. Évezredben csak körülbelül 30 karakter volt. Jelöltek mássalhangzókat, valamint néhány magánhangzó hangot és szótagot. Az írás egyszerűsítése kriptográfia és titkosítás fejlődését eredményezte.
A kriptográfia alkalmazásának példái megtalálhatók a szent zsidó könyvekben, köztük Jeremiás próféta könyvében (Kr. E. 6. század), ahol az atbash elnevezésű egyszerű titkosítási módszert alkalmazták. Az ábécé első betűje helyett az utolsó, a második helyett pedig az előzőet írták, és így tovább.
Az egyik legrégebbi ismert kriptográfiai eszköz a szkitala, amelyet más néven az ősi Sparta rejtjelének neveznek. A Skitala (vagy a görög σκυτάλη, pálca scitala) egy permutációs titkosításhoz használt eszköz. A skitala egy hengerből és egy keskeny pergamencsíkból állt, amely spirálba tekerődött, és erre egy üzenetet írt. Ezt az eszközt a spartalakok találták ki, és ismert, hogy a Sparta háborújában Athén ellen az 5. század végén használták. e.